大瑶山土壤肥力好，植被丰富。其植被组成种类有157科445属947种，其中双子叶植物107种，祼子植物7科10属16种。植被类型有中亚热带常绿阔叶林和南亚热带季风常绿阔叶林，局部也存在季节性雨林。南亚热带季风常绿阔叶林类型与中亚热带常绿阔叶林类型呈现明显的犬牙交错的状态，这是大瑶山植被水平分布最突出的特点。在垂直分布上，海拔1300m以上为山地常绿阔叶林与中山针阔混交林带，海拔1500m的山顶或山脊有成片的、原始的、呈带状分布的杜鹃林。保护区内典型常绿阔叶林有9个群系，季风常绿阔叶林有11个群系，季节性雨林有2个群系，中山针阔叶混交林有3个群系，山顶苔鲜有2个群系，共27个群系。

    保护区植物种类丰富，有维管束植物213科870属2335种，植物种类居广西群山之首。其中国家一级重点保护植物有银杉、伯乐树、南方红豆杉、瑶山苣苔、合柱金莲木、异形玉叶金花、猪血木7种，二级保护植物有长苞铁杉、观光木、闽楠等17种。有陆栖脊椎动物373种，其中国家一类保护动物有瑶山鳄蜥、金斑喙凤蝶、蟒、云豹4种，二类保护动物有白鹇、黄腹角雉、毛冠鹿等22种。昆虫资源也较为丰富，有21目168科570属853种，其中珍稀种类有14种。有昆虫21目168科、570属853种。

    保护区内植物资源丰富，树种繁多，有发育独特的类丹霞地貌，地势险峻，峭壁林立，峡谷纵横，有变幻的云雾、壮观的日出、古松奇树、杜鹃花海等，景域空间丰富多样，具有雄、奇、险、秀、古、野等景观特色。

    大瑶山国家级自然保护区有国家重点保护动植物种类繁多，是保护珍稀濒危物种，维持生物多样性和地带性森林生态系统的宝地，也是从事科研、教育和开发试验的理想基地。主要保护：

    ①中亚热带向南亚热带过渡的常绿阔叶林生态系统，包括保护区北部中亚热带常绿阔叶林地带和保护区南部南亚热带常绿阔叶林地带。基本包括和代表广西的植被类型和特点，是广西进行科学研究和教学的一个理想基地，也是广西乃至中国不可多得的生物地理省。

    ②银杉――长苞铁杉、金毛石栎针阔混交林。大瑶山银杉恰好处在中亚热带和南亚热带过渡的位置上，植被垂直带谱上只出现常绿针阔混交林带，而缺乏常绿落叶阔叶混交林带，其分布特点是：纬度最，位置最南；垂直分布海拔最低；生境条件优越，植株高大，生长旺盛。在国内外和科学研究上具有特殊的价值和重要意义。

    ③珍稀动植物及其赖以生存的栖息环境。区内有4种国家一类保护动物，22种国家二类保护动物，14种珍稀昆虫，其中最珍贵的是瑶山鳄蜥和金斑喙凤蝶。瑶山鳄蜥在动物分类上属独亚科独属独种，分布范围狭窄，处于高度濒危状态；金斑喙凤蝶是我国特有种，是中国仅有的两种国家一级保护蝶类之一，处于高度濒危状态。

    ④国家重点保护植物和珍贵树种。保护区现有7种国家一级保护植物，17种国家二级保护植物，4种Ⅰ类珍贵树种，11种Ⅱ类珍贵树种。